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個別元本方式では、受益者一人ひとりの購入元本を個別に管理します。かつては平均信託金制度といって、全ての受益者の購入元本を平均し、それを税法上の元本としていました。ただ、平均信託金制度では、購入時の基準価額よりも解約時の基準価額が安く、損をした場合でも、解約時の基準価額が平均信託金を上回っていると、その超過額分が課税対象になります。これでは受益者間の公平性が保てないという意見もあり、個別元本方式が導入されました。